Aller au contenu

Recommended Posts

Pas de pub non magique pour les membres du Cercle VM. Clique ici pour en savoir plus !
Invité bénocard
Publié le (modifié)

Hello !

Il y a 17 heures, Melvin a dit :

Exemple : 

construire.gif

Voilà. Typiquement sur cet arbre que représentent les longueurs d'arêtes ? Je voudrais bien le savoir. Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Donc, résumé du dernier épisode : il y a risque de confusion sur le mot phylogénétique. Ca vient du fait qu'avant l'avènement de la génétique ATCG des biologistes moléculaires, il y a eu la génétique de Mendel (les traits hérités, les caractères morphologiques...) des biologistes "des organismes et populations" comme on les appelait. On utilisait les termes phylogénie et phylogénétique, mais phylogénétique était souvent utilisé par les deux disciplines.

Bon, là je parle d'arbres phylogénétiques des généticiens ATCG.

Il y a peut-être aussi confusion sur le mot évolution. Je vais expliquer mon truc et puis vous jugerez sur pièce.

L'avantage des arbres phylogénétiques, c'est que les longueurs d'arête ont un sens bien défini. On extrait en quelque sorte de chaque espèce sa substantifique moëlle, ce qui fait son "empreinte génétique" (en éliminant les variations intra-espèces), et on la compare avec celle des autres.

Je vais expliquer tout ça simplement. Forcément c'est simplifié à chaque étape, je tenterai à chaque fois de dire en quel sens, de nuancer, de dire ce que je laisse de côté, etc.

Ca demande un peu de réflexion préliminaire. Je vais commencer par expliquer shématiquement comment on peut comparer des séquences d'ADN. Après comment on peut construire un consensus représentant chaque espèce, puis comment comparer les espèces entre elles. Ca sera évidemment pas complet, mais ça donne une idée. C'est un modèle simple pour fixer les idées.

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Modifié par bénocard
Publié le (modifié)
il y a 39 minutes, bénocard a dit :

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

Au fait, il n'y a qu'un "z" à quiz.

Citation

Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Heu... tu es sérieux ? La carte n'est pas le territoire, n'oublie pas. C'est juste une représentation où les "longueurs" n'ont pas à être proportionnelles au temps (ou autre facteur). Ce qui compte dans celle-ci n'est pas la longueur des chemins mais qu'il y ait des chemins, des embranchements.

 

Modifié par Christian Girard
Publié le

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

Sans titre-Numérisation-08.jpg

Invité bénocard
Publié le
il y a une heure, Christian Girard a dit :

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

C'est pas la question xD

C'est à cause de google images, sinon c'est trop facile...

il y a 20 minutes, Melvin a dit :

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

D'accord, donc les longueurs d'arêtes représentent le temps. Mais certaines espèces ont arrêté d'évoluer en tant qu'espèces bien avant que l'homme apparaisse... Il faudrait raccourcir les branches !

Ensuite que se passe-t-il pendant ce temps ? Toutes les mutations ne se valent pas, il y en a même qui provoquent la disparition de l'espèce. Tu parles d'une évolution ! Et puis il y a des mutations inutiles, qui produisent plein de variantes d'un même gène ou qui tapent dans des parties non codantes... Toutes les régions du génome ne sont pas équivalentes.

Invité bénocard
Publié le (modifié)

Bon je me lance.

Basiquement, on compare les séquences de nucléotides (ATCG, les quatre molécules qui forment l'ADN) grâce à une simple distance d'édition. La distance d'édition entre deux suites de lettres, c'est le nombre de modifications, suppressions et insertions qu'il faut pour passer de l'une à l'autre.

Exemples : merde-mrede distance 2, mrede-meder distance 2, meder-medor distance 1, merde-medor distance 3

A partir de là, on cherche à aligner les séquences en minimisant les distances :

Sequence+alignment(2)+EX.+Global+alignme

Après on peut aligner ensemble plusieurs séquences et trouver un alignement global optimal :

alignm6.gif

Vous voyez qu'il y a en bas une séquence consensus. Cette séquence représente l'ensemble des séquences alignées une fois qu'on a mis de côté les variations individuelles.

En vrai évidemment la distance utilisée est un peu plus complexe que la distance d'édition, on accorde des poids différents aux éditions élémentaires, mais c'est le principe.

Ca, c'est pour la partie "traitement de texte". Ce sont des programmes bio-informatiques qui font ça, c'est tout à fait bien compris et maîtrisé depuis des dizaines d'années.

Ca va donner des papiers du genre :

https://www.scribd.com/document/344525360/FASTA

Citation

Finding Protein and Nucleotide Similarities with FASTA

William R. Pearson

University of Virginia School of Medicine, Charlottesville, Virginia

William R. Pearson: wrp@virginia.edu

Abstract

The FASTA programs provide a comprehensive set of rapid similarity searching tools (fasta36, fastx36, tfastx36, fasty36, tfasty36), similar to those provided by the BLAST package, as well as programs for slower, optimal, local and global similarity searches (ssearch36, ggsearch36) and for searching with short peptides and oligonucleotides (fasts36, fastm36). The FASTA programs use an empirical strategy for estimating statistical significance that accommodates a range of similarity scoring matrices and gap penalties, improving alignment boundary accuracy and search sensitivity (Unit 3.5). The FASTA programs can produce “BLAST-like” alignment and tabular output, for ease of integration into existing analysis pipelines, and can search small, representative databases, and then report results for a larger set of sequences, using links from the smaller dataset. The FASTA programs work with a wide variety of database formats, including mySQL and postgreSQL databases (Unit 9.4). The programs also provide a strategy for integrating domain and active site annotations into alignments and highlighting the mutational state of functionally critical residues. These protocols describe how to use the FASTA programs to characterize protein and DNA sequences, using protein:protein, protein:DNA, and DNA:DNA comparisons.

 

Modifié par bénocard

Rejoins la conversation !

Tu peux publier maintenant et t'enregistrer plus tard. Si tu as un compte, connecte-toi maintenant pour publier avec ton identité.

Invité
Répondre à ce sujet…

×   Vous avez collé du contenu avec mise en forme.   Restaurer la mise en forme

  Only 75 emoji are allowed.

×   Votre lien a été automatiquement intégré.   Afficher plutôt comme un lien

×   Votre contenu précédemment saisis, a été restauré..   Effacer le contenu

×   You cannot paste images directly. Upload or insert images from URL.

  • Messages

    • Bonjour Frantz et merci pour ton explication. Je n'aurais en effet pas du parler de "marge solide" mais de différence solide, pour le petit acheteur que nous sommes. Je suis pour faire vivre le commerce local, aucun souci avec ça, mais pas à n'importe quel prix. J'ai du mal à comprendre comment 3 boutiques, du même pays, pour un même article arrivent à des différences de prix pareilles, c'est plutôt là mon point de réflexion. J'imagine que le produit vient généralement du même grossiste, et donc là on est d'accord que certains se font une plus grosse marge que d'autres sur un même produit.  Attention que je suis pas du tout en train de dire que certains sont des voleurs ou que dans ce cas-ci Marchand de Trucs arnaquent les gens. Je suis parfaitement conscient que sur d'autres produits ils sont moins chers, et cela reste une boutique que j'apprécie beaucoup.  De mon côté je suis belge, donc acheter mon produit en France ou ailleurs reste malgré tout l'acheter à lextérieur de mon pays et donc je vais en effet au moins cher, surtout quand la différence de prix est aussi importante (et dans le prix je calcule évidemment tout, c'est à dire le produit, les frais de livraison, les frais de douane quand cela doit s'appliquer (ce qui n'est pas le cas avec TCC), les promotions, les cadeaux offerts). Bonne journée Olivier
    • Non, la "marge [n']est [pas forcément] solide"... (Avec le sous-entendu négatif que l'on pourrait percevoir...) Premièrement, il est normal qu'un producteur puisse vendre au public son article moins cher que le distributeur, puisque ce dernier doit l'acheter au premier... (Est-ce très réglo qu'un producteur agisse comme cela d'ailleurs ? C'est une autre question...) Là, on ne parle plus de magie mais de gestion d'entreprise... Mais ok, parlons-en... Regardons donc ces marges. Pour être sûr d'être compris, j'ai besoin de préciser les points suivants : La plupart des gens appellent "taux de marge" ce qui est en réalité en comptabilité le "taux de marque". Le premier se calcule par rapport au prix d'achat d'un produit, le second par rapport au prix de vente. Donc, dans la suite, j'essaierai de parler de marge en valeur absolue mais, si pourcentage il y a, ce sera toujours par rapport au prix public de vente (taux de marque donc). Dans notre petit milieu de la magie, ce taux de marque est généralement de l'ordre de grandeur de 40 %, nombre que je retiendrai pour la suite. (Cette valeur n'est pas imposée de façon dictatoriale par le consortium mafieux des vilaines boutiques de magie qui ne pensent qu'à voler indûment l'argent des pauvres magiciens besogneux ; elle découle de l'équilibre obtenu après des dizaines d'années d'existence de ce marché.) Pour ne pas m'embêter avec des virgules ou des conversions, je considère qu'un dollar vaut un euro, et je ne trainerai pas les centimes. Cela ne change pas le propos. Regardons donc ton exemple : 1. Marge du distributeur Le prix public de l'article est de 119,00 TTC, soit 99,00 € HT. La marge est donc de (40/100)×99=39,00 €. 2. Marge du producteur Je considère que le producteur a déjà vendu assez d'exemplaires à ses distributeurs pour avoir amorti sa fabrication. Tant que ce n'est pas le cas, la discussion n'a pas de sens (le producteur serait alors en déficit sur l'opération, ce qui est une situation qui doit durer le moins longtemps possible pour continuer d'exister). Je ne considère pas la remise non plus, sinon il faudrait aussi considérer la remise faite par le revendeur (10 % je crois avec leur carte de fidélité). Le prix public de l'article est donc de 80,00 € TTC, soit 71,00 € HT (la TVA chinoise n'est que de 13 %). Avec mon hypothèse, c'est donc aussi directement la marge. Conclusion Marge du distributeur : 39,00 € Marge du producteur : 71,00 € Qui a une marge "solide" ? Cela dit, plusieurs remarque : Beaucoup de gens (mais vraiment beaucoup...) confondent chiffre d'affaires, marge et résultat. Du coup, les conversations sont vite stériles... La marge, c'est le carburant qui permet aux entreprises de vivre (la marge n'est pas le résultat !) L'une des grandes difficultés de la gestion d'entreprise est justement d'arriver à la calculer (et à la réaliser !) correctement pour pouvoir survivre... Donner un nombre général en disant "cette marge c'est du vol" n'a pas de sens sans un paquet d'autres informations (le CA et le résultat notamment...) Qui peut définir ce qu'est une "marge solide" ? Cela n'a pas de sens... (Ayez 400 % de marge sur des perles en plastique vendues sur le marché le samedi matin, vous n'allez pas gagner votre vie ; ayez 0,1 % de marge en vendant des porte-avions, et ça devrait aller pour vous.) Quand bien même le distributeur aurait une "marge solide", serait-ce un voleur ? Imaginons qu'il achète au producteur cinq exemplaires de l'article mais qu'il n'en vende que deux. Il aurait dépensé 5 × 59,00 € = 295,00 € et aurait fait rentrer 2 × 99,00 € = 198,00 €. Il serait donc déficitaire de 97,00 €... (En fait, son déficit serait plus gros que ça, puisque cela lui crée un stock qui a un coût, et ce déficit de trésorerie doit être financé ; à combien sont les taux bancaires pour un prêt de trésorerie déjà ?) Bref... Je ne sais pas si vous m'avez suivi jusque là, mais tout l'objet de ce message était juste d'essayer de montrer que ce n'est pas parce qu'un marchand achète un truc à 60,00 € et le revend à 100,00 € que c'est un "voleur qui s'en met plein les poches"... La vraie vie est un chouïa plus compliquée... 🙂
    • En plus de ça, je prendrais ce chiffre avec de vraies pincettes. Comme dans n'importe quelle passion, quand on débute, on ne se salarie pas immédiatement… et la majorité ne le fera jamais. Sans compter que le statut d'artiste repose beaucoup sur les droits d'auteur ou la vente directe, et non sur un salariat classique. Bref, si on englobe tout le monde — du simple amateur au pro accompli —, le revenu moyen s'effondre probablement à quelques dizaines d'euros. C'est exactement comme dans la magie. Pour être plus juste, l'arbre ne cache pas seulement la forêt : c'est un caillou qui masque une planète ! 😅 
  • Statistiques des membres

    • Total des membres
      8513
    • Maximum en ligne
      9330

    Membre le plus récent
    Paloma NAHARRO
    Inscription
  • Statistiques des forums

    • Total des sujets
      85.3k
    • Total des messages
      684k

×
×
  • Créer...