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Invité bénocard
Publié le (modifié)

Hello !

Il y a 17 heures, Melvin a dit :

Exemple : 

construire.gif

Voilà. Typiquement sur cet arbre que représentent les longueurs d'arêtes ? Je voudrais bien le savoir. Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Donc, résumé du dernier épisode : il y a risque de confusion sur le mot phylogénétique. Ca vient du fait qu'avant l'avènement de la génétique ATCG des biologistes moléculaires, il y a eu la génétique de Mendel (les traits hérités, les caractères morphologiques...) des biologistes "des organismes et populations" comme on les appelait. On utilisait les termes phylogénie et phylogénétique, mais phylogénétique était souvent utilisé par les deux disciplines.

Bon, là je parle d'arbres phylogénétiques des généticiens ATCG.

Il y a peut-être aussi confusion sur le mot évolution. Je vais expliquer mon truc et puis vous jugerez sur pièce.

L'avantage des arbres phylogénétiques, c'est que les longueurs d'arête ont un sens bien défini. On extrait en quelque sorte de chaque espèce sa substantifique moëlle, ce qui fait son "empreinte génétique" (en éliminant les variations intra-espèces), et on la compare avec celle des autres.

Je vais expliquer tout ça simplement. Forcément c'est simplifié à chaque étape, je tenterai à chaque fois de dire en quel sens, de nuancer, de dire ce que je laisse de côté, etc.

Ca demande un peu de réflexion préliminaire. Je vais commencer par expliquer shématiquement comment on peut comparer des séquences d'ADN. Après comment on peut construire un consensus représentant chaque espèce, puis comment comparer les espèces entre elles. Ca sera évidemment pas complet, mais ça donne une idée. C'est un modèle simple pour fixer les idées.

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Modifié par bénocard
Publié le (modifié)
il y a 39 minutes, bénocard a dit :

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

Au fait, il n'y a qu'un "z" à quiz.

Citation

Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Heu... tu es sérieux ? La carte n'est pas le territoire, n'oublie pas. C'est juste une représentation où les "longueurs" n'ont pas à être proportionnelles au temps (ou autre facteur). Ce qui compte dans celle-ci n'est pas la longueur des chemins mais qu'il y ait des chemins, des embranchements.

 

Modifié par Christian Girard
Publié le

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

Sans titre-Numérisation-08.jpg

Melvin

Invité bénocard
Publié le
il y a une heure, Christian Girard a dit :

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

C'est pas la question xD

C'est à cause de google images, sinon c'est trop facile...

il y a 20 minutes, Melvin a dit :

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

D'accord, donc les longueurs d'arêtes représentent le temps. Mais certaines espèces ont arrêté d'évoluer en tant qu'espèces bien avant que l'homme apparaisse... Il faudrait raccourcir les branches !

Ensuite que se passe-t-il pendant ce temps ? Toutes les mutations ne se valent pas, il y en a même qui provoquent la disparition de l'espèce. Tu parles d'une évolution ! Et puis il y a des mutations inutiles, qui produisent plein de variantes d'un même gène ou qui tapent dans des parties non codantes... Toutes les régions du génome ne sont pas équivalentes.

Invité bénocard
Publié le (modifié)

Bon je me lance.

Basiquement, on compare les séquences de nucléotides (ATCG, les quatre molécules qui forment l'ADN) grâce à une simple distance d'édition. La distance d'édition entre deux suites de lettres, c'est le nombre de modifications, suppressions et insertions qu'il faut pour passer de l'une à l'autre.

Exemples : merde-mrede distance 2, mrede-meder distance 2, meder-medor distance 1, merde-medor distance 3

A partir de là, on cherche à aligner les séquences en minimisant les distances :

Sequence+alignment(2)+EX.+Global+alignme

Après on peut aligner ensemble plusieurs séquences et trouver un alignement global optimal :

alignm6.gif

Vous voyez qu'il y a en bas une séquence consensus. Cette séquence représente l'ensemble des séquences alignées une fois qu'on a mis de côté les variations individuelles.

En vrai évidemment la distance utilisée est un peu plus complexe que la distance d'édition, on accorde des poids différents aux éditions élémentaires, mais c'est le principe.

Ca, c'est pour la partie "traitement de texte". Ce sont des programmes bio-informatiques qui font ça, c'est tout à fait bien compris et maîtrisé depuis des dizaines d'années.

Ca va donner des papiers du genre :

https://www.scribd.com/document/344525360/FASTA

Citation

Finding Protein and Nucleotide Similarities with FASTA

William R. Pearson

University of Virginia School of Medicine, Charlottesville, Virginia

William R. Pearson: wrp@virginia.edu

Abstract

The FASTA programs provide a comprehensive set of rapid similarity searching tools (fasta36, fastx36, tfastx36, fasty36, tfasty36), similar to those provided by the BLAST package, as well as programs for slower, optimal, local and global similarity searches (ssearch36, ggsearch36) and for searching with short peptides and oligonucleotides (fasts36, fastm36). The FASTA programs use an empirical strategy for estimating statistical significance that accommodates a range of similarity scoring matrices and gap penalties, improving alignment boundary accuracy and search sensitivity (Unit 3.5). The FASTA programs can produce “BLAST-like” alignment and tabular output, for ease of integration into existing analysis pipelines, and can search small, representative databases, and then report results for a larger set of sequences, using links from the smaller dataset. The FASTA programs work with a wide variety of database formats, including mySQL and postgreSQL databases (Unit 9.4). The programs also provide a strategy for integrating domain and active site annotations into alignments and highlighting the mutational state of functionally critical residues. These protocols describe how to use the FASTA programs to characterize protein and DNA sequences, using protein:protein, protein:DNA, and DNA:DNA comparisons.

 

Modifié par bénocard

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    • Alors... VASTE SUJET. Comme je l'ai dit dans mon message précédent : c'est un espace magique à part. Si tu y présentes des vidéos pour te promouvoir, il faut que l'on te voie en action avec des spectateurs ou sur scène. Si tu souhaites partager des vidéos de tours, ça ne va pas être pour te promouvoir (enfin, je ne pense pas) et ça ne va pas être les mêmes tours que tu vas faire en live. Pour des tours en vidéo, il faut garder à l'esprit que les spectateurs peuvent se repasser la vidéo (et ils vont le faire si le tour les bluffe) et que les flashes ne pardonnent pas (ils vont se repasser la vidéo au ralenti). La particularité des réseaux sociaux est aussi qu'il faut capter l'attention très vite. On peut faire des vidéos relativement "longues", mais il faut maintenir l'intérêt des spectateurs. Là, par exemple, j'ai maintenu leur intérêt en leur promettant de révéler le secret des anneaux chinois à la fin (prière de regarder la vidéo avant de me tomber dessus) : https://www.instagram.com/p/DRhsk5fDfq3/ Donc, je dirais : peu importe le tour tant que c'est bluffant, qu'on maintient l'attention des spectateurs et que ça ne flashe pas. Après concernant ma "stratégie"... et bien, je n'en ai pas. Je publie des vidéos parce que j'ai des idées de présentation qui m'amusent quand je travaille des tours et que j'ai envie de les montrer. En close-up, je tourne plus ou moins toujours avec les mêmes routines que j'ai peaufinées avec le temps, ce qui me permet de jazzer, etc. Les vidéos, c'est plutôt les idées dont je ne sais trop quoi faire ou les tours que je suis triste de voir rester dans leur tiroir.  Parfois, ça fait un bide, comme celle-ci, alors que j'en suis particulièrement fier (28 likes seulement) : https://www.instagram.com/p/DOGGif0De5J/ Et parfois, ça fait un tabac, comme celle-ci, alors que c'était juste une idée de présentation avec des épingles à nourrices (plus de 3000 likes et... 291 000 vues) : https://www.instagram.com/p/DU_YIbmjUEP/ Ah oui, un truc aussi : tu auras toujours des petits malins qui viendront dire les explications qu'ils ont trouvées en commentaires (j'ai même vu des pseudo magiciens faire ça sous les vidéos d'autres, ce que je trouve consternant). En règle générale, il suffit de masquer leurs commentaires : ils ne vont pas savoir que tu l'as fait et continuer à parler dans le vide sans que personne ne les lise. Sinon, si on en a les moyens, on peut aussi jouer avec eux, ça peut être rigolo : https://www.instagram.com/p/DVErWzkjcSR/ Sinon, mon ego me pousse parfois à vouloir montrer à des magiciens "célèbres" ma présentation d'un de leurs tours. Je l'ai fait avec ce tour de David PARR, mais il ne m'a pas répondu. C'est un magicien très élégant et distingué, il a peut-être été totalement dépité que j'en avais fait cette bêtise 😬 : https://www.instagram.com/p/DV_neyKjSFn/ Cela dit, ça a fait rire @Etienne PRADIER, donc je suis content. 😅 Idem pour ma vidéo avec l'illusion de Jastrow, j'espérais que David REGAL me félicite d'avoir ajouté une couche supplémentaire à son merveilleux "Long and Short of it" (il a vraiment de super idées), mais il m'a ignoré, il devait être trop occupé à faire des gags tout nazes avec de l'IA, sa nouvelle passion (quel gâchis). M'amuser, réfléchir sur des tours, montrer des trucs que je ne montre pas ailleurs (voir ci-dessus) Il y a plein de réunions de magiciens qui attirent les jeunes : Blackpool, le Trobam, le Rendez-Vous de Magic Dream et d'autres. Parce qu'ils savent justement qu'ils vont y retrouver des magiciens qu'ils ont découverts en ligne et dont ils apprécient l'univers. Quand je vois les congrès FFM et la communication qui est faite autour (franchement... ça, là : https://www.instagram.com/p/DW20QCcgb3C/) je ne m'étonne pas trop que ça n'attire pas les jeunes. Même sans être "jeune", moi-même, les dîners de gâlââââ entre vieux magiciens qui se connaissent tous, les vestes à paillettes et les numéros où l'on transperce/découpe des pin-ups dans des boîtes, ça me fait fuir, alors je n'ose imaginer pour les plus jeunes que moi (sans compter l'angoisse de se retrouver aux prises avec un vieux magicien qui vous vante ses états de service pendant 2 heures en vous disant que tout ça, c'était quand même bien mieux du temps de Pierre BRAHMA, etc.). Sans compter que c'est hors de prix pour un jeune lambda. Moi, justement, mes petites vidéos publiques ont fait que quand je vais dans des congrès, à des conférences dans d'autres clubs, etc., je rencontre souvent des magiciens qui m'ont vu sur Internet et ça permet de discuter (ça me permet même de discuter et de vraiment beaucoup échanger -en faisant des visios, en s'envoyant des vidéos de techniques, etc. - avec des magiciens que je n'ai jamais rencontrés en vrai, mais qui sont devenus des amis). Enfin, bref, merci les réseaux sociaux pour la magie. 
    • Je l'ai contacté par messenger (le 17 juin) mais j'ai pas eu de réponse 😞  Il me semble pourtant qu'il s'agit de son compte
    • Je suis content de l’avoir reçu. C’est vraiment bon. Une petite pépite à avoir surtout quand on sait qu’il n’y a que très peu d’exemplaires.   
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