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Invité bénocard
Publié le (modifié)

Hello !

Il y a 17 heures, Melvin a dit :

Exemple : 

construire.gif

Voilà. Typiquement sur cet arbre que représentent les longueurs d'arêtes ? Je voudrais bien le savoir. Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Donc, résumé du dernier épisode : il y a risque de confusion sur le mot phylogénétique. Ca vient du fait qu'avant l'avènement de la génétique ATCG des biologistes moléculaires, il y a eu la génétique de Mendel (les traits hérités, les caractères morphologiques...) des biologistes "des organismes et populations" comme on les appelait. On utilisait les termes phylogénie et phylogénétique, mais phylogénétique était souvent utilisé par les deux disciplines.

Bon, là je parle d'arbres phylogénétiques des généticiens ATCG.

Il y a peut-être aussi confusion sur le mot évolution. Je vais expliquer mon truc et puis vous jugerez sur pièce.

L'avantage des arbres phylogénétiques, c'est que les longueurs d'arête ont un sens bien défini. On extrait en quelque sorte de chaque espèce sa substantifique moëlle, ce qui fait son "empreinte génétique" (en éliminant les variations intra-espèces), et on la compare avec celle des autres.

Je vais expliquer tout ça simplement. Forcément c'est simplifié à chaque étape, je tenterai à chaque fois de dire en quel sens, de nuancer, de dire ce que je laisse de côté, etc.

Ca demande un peu de réflexion préliminaire. Je vais commencer par expliquer shématiquement comment on peut comparer des séquences d'ADN. Après comment on peut construire un consensus représentant chaque espèce, puis comment comparer les espèces entre elles. Ca sera évidemment pas complet, mais ça donne une idée. C'est un modèle simple pour fixer les idées.

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Modifié par bénocard
Publié le (modifié)
il y a 39 minutes, bénocard a dit :

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

Au fait, il n'y a qu'un "z" à quiz.

Citation

Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Heu... tu es sérieux ? La carte n'est pas le territoire, n'oublie pas. C'est juste une représentation où les "longueurs" n'ont pas à être proportionnelles au temps (ou autre facteur). Ce qui compte dans celle-ci n'est pas la longueur des chemins mais qu'il y ait des chemins, des embranchements.

 

Modifié par Christian Girard
Publié le

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

Sans titre-Numérisation-08.jpg

Melvin

Invité bénocard
Publié le
il y a une heure, Christian Girard a dit :

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

C'est pas la question xD

C'est à cause de google images, sinon c'est trop facile...

il y a 20 minutes, Melvin a dit :

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

D'accord, donc les longueurs d'arêtes représentent le temps. Mais certaines espèces ont arrêté d'évoluer en tant qu'espèces bien avant que l'homme apparaisse... Il faudrait raccourcir les branches !

Ensuite que se passe-t-il pendant ce temps ? Toutes les mutations ne se valent pas, il y en a même qui provoquent la disparition de l'espèce. Tu parles d'une évolution ! Et puis il y a des mutations inutiles, qui produisent plein de variantes d'un même gène ou qui tapent dans des parties non codantes... Toutes les régions du génome ne sont pas équivalentes.

Invité bénocard
Publié le (modifié)

Bon je me lance.

Basiquement, on compare les séquences de nucléotides (ATCG, les quatre molécules qui forment l'ADN) grâce à une simple distance d'édition. La distance d'édition entre deux suites de lettres, c'est le nombre de modifications, suppressions et insertions qu'il faut pour passer de l'une à l'autre.

Exemples : merde-mrede distance 2, mrede-meder distance 2, meder-medor distance 1, merde-medor distance 3

A partir de là, on cherche à aligner les séquences en minimisant les distances :

Sequence+alignment(2)+EX.+Global+alignme

Après on peut aligner ensemble plusieurs séquences et trouver un alignement global optimal :

alignm6.gif

Vous voyez qu'il y a en bas une séquence consensus. Cette séquence représente l'ensemble des séquences alignées une fois qu'on a mis de côté les variations individuelles.

En vrai évidemment la distance utilisée est un peu plus complexe que la distance d'édition, on accorde des poids différents aux éditions élémentaires, mais c'est le principe.

Ca, c'est pour la partie "traitement de texte". Ce sont des programmes bio-informatiques qui font ça, c'est tout à fait bien compris et maîtrisé depuis des dizaines d'années.

Ca va donner des papiers du genre :

https://www.scribd.com/document/344525360/FASTA

Citation

Finding Protein and Nucleotide Similarities with FASTA

William R. Pearson

University of Virginia School of Medicine, Charlottesville, Virginia

William R. Pearson: [email protected]

Abstract

The FASTA programs provide a comprehensive set of rapid similarity searching tools (fasta36, fastx36, tfastx36, fasty36, tfasty36), similar to those provided by the BLAST package, as well as programs for slower, optimal, local and global similarity searches (ssearch36, ggsearch36) and for searching with short peptides and oligonucleotides (fasts36, fastm36). The FASTA programs use an empirical strategy for estimating statistical significance that accommodates a range of similarity scoring matrices and gap penalties, improving alignment boundary accuracy and search sensitivity (Unit 3.5). The FASTA programs can produce “BLAST-like” alignment and tabular output, for ease of integration into existing analysis pipelines, and can search small, representative databases, and then report results for a larger set of sequences, using links from the smaller dataset. The FASTA programs work with a wide variety of database formats, including mySQL and postgreSQL databases (Unit 9.4). The programs also provide a strategy for integrating domain and active site annotations into alignments and highlighting the mutational state of functionally critical residues. These protocols describe how to use the FASTA programs to characterize protein and DNA sequences, using protein:protein, protein:DNA, and DNA:DNA comparisons.

 

Modifié par bénocard

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    • (Précision : le titre de ce sujet n’est pas de moi. Il s’agit d’habilité, pas de magie.) 
    • Hello Thierry Respecter l'autre c'est ne pas être condescendant et pointer objectivement quelques erreurs afin que tout le monde profite des rectifications apportées et s'améliore. C'est ce que j'ai fait. Je t'assure que si tu relèves une grosse bêtise dans mes propos je préfère que tu me la signales pour que je puisse intégrer la correction et que je sois plus pertinent à l'avenir. Si dans un débat sur la physique quantique se trouvait un physicien, Julien Bobroff par exemple, je lui accorderais une écoute toute particulière et je ne m'aventurerais pas à remettre en question son avis plus éclairé que le mien dans un domaine qu'il maîtrise à l'évidence mieux que moi. Il faut savoir être à l'écoute des autres pour soi-même tenter de s'élever un peu.  Je te remercie d'évoquer mon prétendu "savoir en physique" mais je t'avoue humblement qu'il est limité à une connaissance tirée des vulgarisateurs, pas de la maîtrise des équations et autres formulations mathématiques. Je ne suis expert en rien dans les domaines scientifiques ni sans doute dans aucun autre. Je ne suis tout au plus qu'un vague spécialiste en magie avec des chouchous 😉, mes prétentions s'arrêtent là. Tu précises en fin de message que tu l'as rédigé "sans animosité ni ressentiment", il en a été de même de tous mes précédents messages (et celui-là encore) ; rassure-toi, j'apprécie ta compagnie (toute virtuelle qu'elle soit) et il n'y aurait sans doute pas eu un tel jeu de ping-pong entre nous si tel n'avait pas été le cas.  Je reprends quelques points et notamment celui qui t'a fait écrire : "enfin, tu as fait la liste de mes insuffisances et as conclu que tu avais mieux à faire que de répondre à l'ignorant que je suis, fermant la porte définitivement à une source de réflexion mutuelle." Gros quiproquo Thierry, il n'y avait pas de sous-entendu quand j'ai écrit : "Je vais arrêter de débattre de tout cela car j’ai un travail éditorial exigeant en cours, désolé". C'est simplement un fait, j'ai du boulot, et le mot "désolé" était vraiment là pour m'excuser de devoir arrêter l'échange en cours au moins durant quelque temps ; c'est tout (j'interviens depuis 2012 dans ce sujet, et forcément il y a des périodes de creux). Je ne relève pas les techniques rhétoriques évidentes que tu as utilisées dans ta phrase : la prétendue "conclusion" que j'aurais apportée, le fait que je t'aurais traité "d'ignorant" – quiconque relira mes messages constatera que ça n'a jamais été le cas – ou encore que j'aurais fermé la porte définitivement (c'est bien mal me connaître puisque tout au contraire je reviens régulièrement sur des questions laissées en suspens durant des années) etc. Je ne t'en veux pas de t'être laissé emporter, puisque c'est sur la base d'une confusion. No problemo.    En réalité je n'ai pas relevé d'autres erreurs flagrantes que tu as avancées mais comme tu me titilles gentiment je vais t'en montrer une autre (et comprends que le problème est qu'il est difficile pour toi comme pour moi d'argumenter sur la base d'une prémisse bancale). Une fois de plus, ce n'est pas bien grave, c'est surtout pour te montrer qu'il faut te montrer plus exigent quand tu donnes des exemples censés appuyer tes propos ; je te cite : J'espère vraiment que tu vas me comprendre. Quand je lis une assertion de la sorte, je suis un peu désemparé. Je n'ai pas relevé cela dans la discussion d'il y a quelques jours mais maintenant il va falloir m'expliquer ton propos. Pour ne pas te faire un faux procès, je te demande vraiment de clarifier ce que tu as voulu prouver avec cette affirmation qui me semble totalement erronée. Dans le doute je te laisse développer un peu et je t'en remercie vraiment.  Au plaisir également de te lire sur les approches philosophiques que tu n'as pas développées précédemment ("philosophie phénoménaliste", "idéalisme transcendantal" et autres "courants de pensée philosophique" que tu as étudiés à l'Université de Lausanne) mais vérifie quand même qu'il n'en a pas déjà été question dans les 282 pages de ce sujet, notamment par Patrick, plus axé que moi sur la philosophie).  Amic' 
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