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Invité bénocard
Publié le (modifié)

Hello !

Il y a 17 heures, Melvin a dit :

Exemple : 

construire.gif

Voilà. Typiquement sur cet arbre que représentent les longueurs d'arêtes ? Je voudrais bien le savoir. Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Donc, résumé du dernier épisode : il y a risque de confusion sur le mot phylogénétique. Ca vient du fait qu'avant l'avènement de la génétique ATCG des biologistes moléculaires, il y a eu la génétique de Mendel (les traits hérités, les caractères morphologiques...) des biologistes "des organismes et populations" comme on les appelait. On utilisait les termes phylogénie et phylogénétique, mais phylogénétique était souvent utilisé par les deux disciplines.

Bon, là je parle d'arbres phylogénétiques des généticiens ATCG.

Il y a peut-être aussi confusion sur le mot évolution. Je vais expliquer mon truc et puis vous jugerez sur pièce.

L'avantage des arbres phylogénétiques, c'est que les longueurs d'arête ont un sens bien défini. On extrait en quelque sorte de chaque espèce sa substantifique moëlle, ce qui fait son "empreinte génétique" (en éliminant les variations intra-espèces), et on la compare avec celle des autres.

Je vais expliquer tout ça simplement. Forcément c'est simplifié à chaque étape, je tenterai à chaque fois de dire en quel sens, de nuancer, de dire ce que je laisse de côté, etc.

Ca demande un peu de réflexion préliminaire. Je vais commencer par expliquer shématiquement comment on peut comparer des séquences d'ADN. Après comment on peut construire un consensus représentant chaque espèce, puis comment comparer les espèces entre elles. Ca sera évidemment pas complet, mais ça donne une idée. C'est un modèle simple pour fixer les idées.

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Modifié par bénocard
Publié le (modifié)
il y a 39 minutes, bénocard a dit :

Un petit quizz en attendant ?

toto.thumb.jpg.f7b2eefa8708f1979ff3c9e9a9a761b0.jpg

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

Au fait, il n'y a qu'un "z" à quiz.

Citation

Et puis on voit qu'ils sont tous sur la même ligne, mais le chemin depuis la racine ne sont pas de longueurs égales...

Heu... tu es sérieux ? La carte n'est pas le territoire, n'oublie pas. C'est juste une représentation où les "longueurs" n'ont pas à être proportionnelles au temps (ou autre facteur). Ce qui compte dans celle-ci n'est pas la longueur des chemins mais qu'il y ait des chemins, des embranchements.

 

Modifié par Christian Girard
Publié le

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

Sans titre-Numérisation-08.jpg

Melvin

Invité bénocard
Publié le
il y a une heure, Christian Girard a dit :

Tu uses de substances hallucinogènes ? ^_^

C'est pas la question xD

C'est à cause de google images, sinon c'est trop facile...

il y a 20 minutes, Melvin a dit :

C'est à dire qu'à partir d'un nœud (= ancêtre commun à deux espèces A et B actuelles), il y a forcément autant de temps qui le sépare de l'espèce A actuelle et de l'espèce B actuelle (voir schéma ci-dessous). La plupart du temps les dessins des arbres phylogénétiques ne sont pas fait à l'échelle.

D'accord, donc les longueurs d'arêtes représentent le temps. Mais certaines espèces ont arrêté d'évoluer en tant qu'espèces bien avant que l'homme apparaisse... Il faudrait raccourcir les branches !

Ensuite que se passe-t-il pendant ce temps ? Toutes les mutations ne se valent pas, il y en a même qui provoquent la disparition de l'espèce. Tu parles d'une évolution ! Et puis il y a des mutations inutiles, qui produisent plein de variantes d'un même gène ou qui tapent dans des parties non codantes... Toutes les régions du génome ne sont pas équivalentes.

Invité bénocard
Publié le (modifié)

Bon je me lance.

Basiquement, on compare les séquences de nucléotides (ATCG, les quatre molécules qui forment l'ADN) grâce à une simple distance d'édition. La distance d'édition entre deux suites de lettres, c'est le nombre de modifications, suppressions et insertions qu'il faut pour passer de l'une à l'autre.

Exemples : merde-mrede distance 2, mrede-meder distance 2, meder-medor distance 1, merde-medor distance 3

A partir de là, on cherche à aligner les séquences en minimisant les distances :

Sequence+alignment(2)+EX.+Global+alignme

Après on peut aligner ensemble plusieurs séquences et trouver un alignement global optimal :

alignm6.gif

Vous voyez qu'il y a en bas une séquence consensus. Cette séquence représente l'ensemble des séquences alignées une fois qu'on a mis de côté les variations individuelles.

En vrai évidemment la distance utilisée est un peu plus complexe que la distance d'édition, on accorde des poids différents aux éditions élémentaires, mais c'est le principe.

Ca, c'est pour la partie "traitement de texte". Ce sont des programmes bio-informatiques qui font ça, c'est tout à fait bien compris et maîtrisé depuis des dizaines d'années.

Ca va donner des papiers du genre :

https://www.scribd.com/document/344525360/FASTA

Citation

Finding Protein and Nucleotide Similarities with FASTA

William R. Pearson

University of Virginia School of Medicine, Charlottesville, Virginia

William R. Pearson: wrp@virginia.edu

Abstract

The FASTA programs provide a comprehensive set of rapid similarity searching tools (fasta36, fastx36, tfastx36, fasty36, tfasty36), similar to those provided by the BLAST package, as well as programs for slower, optimal, local and global similarity searches (ssearch36, ggsearch36) and for searching with short peptides and oligonucleotides (fasts36, fastm36). The FASTA programs use an empirical strategy for estimating statistical significance that accommodates a range of similarity scoring matrices and gap penalties, improving alignment boundary accuracy and search sensitivity (Unit 3.5). The FASTA programs can produce “BLAST-like” alignment and tabular output, for ease of integration into existing analysis pipelines, and can search small, representative databases, and then report results for a larger set of sequences, using links from the smaller dataset. The FASTA programs work with a wide variety of database formats, including mySQL and postgreSQL databases (Unit 9.4). The programs also provide a strategy for integrating domain and active site annotations into alignments and highlighting the mutational state of functionally critical residues. These protocols describe how to use the FASTA programs to characterize protein and DNA sequences, using protein:protein, protein:DNA, and DNA:DNA comparisons.

 

Modifié par bénocard

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    • Mais non !!! Juste quand je suis à Biarritz !!! C'est vraiment incroyable ! Merci Thomas d'organiser une très très belle rencontre ! Profitez bien !
    • Bonjour à tous,  Cela fait trèèèèès longtemps que je n'ai pas posté sur VM mais je viens encore y jeter un oeil de manière assez régulière. Petit CR pour ce Projet Propless de Philippe Morgan que j'ai acheté il y a deux semaines. 1. Le tour de l'horloge : Après quelques procédures (très mathématiques), vous pouvez deviner à quelle heure (avec les minutes) pense un spectateur. C'est le genre de tour qui est intéressant, mais où il est difficile de ne pas laisser une impression de simple puzzle mathématique au spectateur. Il faudrait une très bonne histoire pour essayer de les emporter au-delà de cette impression. J'ai commencé à me faire un script pour essayer de tout justifier au niveau des procédures, et cela peut peut-être devenir quelque chose d'intéressant, mais cela reste assez long à mettre en place, donc je ne sais pas si je m'en servirai. A voir ! 6/10 2. Découvrir une vérité parmi des mensonges : technique qui permettrait de savoir à quel endroit se place une vérité énoncée par mi plusieurs mensonges. Pas sûre à 100%. Ca donne envie d'essayer mais il faut bien choisir son spectateur, ou prévoir autre chose derrière pour qu'une erreur ne soit pas très grave. Pas de note car il faut tester pour se rendre compte de si cela est fiable.   3. Cartes pensées : 2 méthodes sont présentées pour connaire l'identité d'un carte pensée/forcée psychologiquement. La première encore une fois assez mathématique et principe déjà connu selon moi. 5/10 La deuxième n'a rien de nouveau mais est bien meilleure et c'est toujours bon d'avoir un rappel. 7.5/10 4. Bataille de dés invisibles : La aussi, principe très mathématique, qui peut être intéressant si c'est bien présenter je pense. En gros, vous proposez un jeu au spectateur : il peut choisir le nombre de faces d'un dé invisible (entre 3 et 6 disons) et un score max à ne pas atteindre (par exemple, 15). Chacun lance son dé à tour de rôle, et décide du résultat obtenu par son propre dé. A chaque fois, on additionne le résultat de l'un avec le précédent total obtenu. Celui qui atteint ou dépasse en premier le score max a perdu. Philippe nous donne un moyen de gagner toutes les parties, même en modifiant les conditions. Cela peut-être très sympa, sans être forcément très "magique" mais plutôt avec un air de défi de bar (selon moi). Ce qui pourrait être intéressant, c'est de transformer cela en prédiction (un peu comme un which hand où l'on ne gagnerait pas tout le temps, mais où, à la fin, l'ordre des parties gagnées et perdues était déjà prédite à l'avance). Mais ej ne sais pas si cela est possible car si on n'est capable de s'assurer une victoire à tous les coups, pas sûr que l'on puisse s'assurer une défaite (volontaire) à coup sûr (sans que cela ne soit évident en tout cas). Il faut que je passe du temps sur la procédure pour me l'approprier. 7/10   5. Mot à Mot propless : Mon coup de coeur, très clairement. D'une manière très clean, vous êtes capable de savoir à quel mot pense à un spectateur pense parmi une liste, sans qu'il n'ouvre jamais la bouche. Vous pouvez le refaire derrière sans problème, avec d'autres mots. Il faut une bonne présentation mais j'aime beaucoup comment le principe est utilisé avec subtilité. De mon côté, je l'ai testé avec une présentation de dictionnaire invisible et ca a très bien pris. 9/10   6. Mediumnité : Idée proposée par Philippe pour savoir à quel objet présent dans une maison pense un spectateur. J'aime bien le thème, j'aime bien l'idée de abse, mais je trouve que proposé de cette manière cela est peut-être un peu trop évident. Cela donne envie de réfléchir à un autre moyen d'obtenir les informations qui nous sont nécessaires. 7/10   7. Routine de tracking : vous finissez par savoir dans quel pays se trouve un spectateur, et le plat qu'il est en train de manger. Pas très fan, car trop évident de cette manière selon moi. Dans la même vaine, je préfère largement System Alpha qui est bien plus poussé et plus crédible (mais demande plus de travail !) 5.5/10   8. Routine boisson : vous devinez à quelle boisson pense un spectateur. Basée sur une technique expliquée et qui sert égaement pour la routine suivante. J'aime bcp l'idée, mais si je pense qu'il faut se méfier des échecs possibles. Donc bien choisir son spectateur également. 7/10   9. Routine zoo : même technique propless que la routine 8. Même avis et mêmes remarques  donc 7/10 également   Ressenti global : je suis très content qu'un projet de ce type sorte en Français car beaucoup des ressources disponibles sur ce type de sujet sont en anglais et ne s'appliquent pas forcément en France, même si on parle anglais (ex : Guess Who de Peter Turner). Philippe parait très sympathique et on prend du plaisir à écouter ce qu'il nous dit. Par contre, j'ai l'impression qu'il manque des choses : une seule démo en live, et c'est dommage car pour beaucoup des effets on aimerait bien voir ce que cela donne. Aussi, on peut se demander quelle est la cible : cela n'est peut-être pas assez détaillé pour un pur débutant en mentalisme propless, mais cela n'est majoritairement pas très nouveau pour quelqu'un qui aurait déjà un peu de connaissance dans ce domaine. De mon côté, je suis un peu entre les deux : j'ai lu beaucoup de choses, mais je pratique assez rarement.   Note globale : 7.5/10 Et s'il y en a un deuxième, je le prendrai sans doute aussi pour faire des découvertes du type Mot-à-Mot propless ou continuer à m'enrichir de nouveaux principes (nouveau dans le sens où je ne les connais pas/ne les utilise pas encore). Mais je vais utiliser plusieurs des principes/routines proposées, d'une manière ou d'une autre !   Voila !   Magicalement,  Pierre-André  
    • Salut la compagnie ! 👋 Dites, vous faites quoi le samedi 23 mai ? Parce qu'on a un rendez-vous aux sommets (et pas seulement pour la taille des cartes) : @Etienne PRADIER débarque à Paris ! 🇫🇷🏙️ On ne présente plus le personnage : c'est le roi du "Real World". Pas de fioritures inutiles ou de trucs qui ne marchent que sur Instagram. Là, on parle de vrais secrets de Workers, de gestion du public et de routines qui ont été testées (et approuvées) des milliers de fois en conditions réelles.  Le plus cool ? On va passer la journée tous ensemble. Que vous veniez de Lille, Marseille, Brest ou d'à côté, c'est surtout l'occasion de se retrouver entre passionnés, de se marrer un bon coup (avec Etienne, c'est garanti 🤣) et d'échanger avec les grands noms qui traîneront dans le coin. Jetez un œil à ce qu'il nous réserve : C'est brut, c'est efficace, c'est du Pradier tout craché. Bref, une journée de pur kiffe et de partage comme on les aime, loin du sérieux des bibliothèques ! 🥂🃏 Ne traînez pas, les places partent vite pour ce genre de session en comité convivial : 👉 JE RÉSERVE MA PLACE ICI 👈 Hâte de vous y voir pour trinquer et bosser nos levées doubles ! 🤘🔥
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